La Conférence des Comités se compose de tous les membres du comité de chaque association affiliée à la Confédération. Elle délibère sur toutes les matières dont elle est saisie par le Comité fédéral. Elle statue sur le programme d'action et les accords salariaux.

Le Comité fédéral peut réunir les ressortissants de la Confédération en Congrès fédéral pour des communications importantes et pour la manifestation de l'unité dans l'action de la Fonction publique.