Le Conseil d’administration (CA) a les pouvoirs les plus étendus pour la réalisation des buts et objets de la Confédération. Toutes les décisions du CA sont prises à la majorité simple des voix de ses membres présents ou représentés. En cas de parité des voix, la proposition de décision est rejetée.

Le CA expédie les affaires courantes, exécute les décisions prises par l’Assemblée générale, représente la Confédération auprès de l'autorité et du public. Il se compose du Président fédéral, du 1^er Vice-Président fédéral, du Vice-Président fédéral, du Secrétaire général, du Trésorier fédéral et des deux Assesseurs.

Le Président du CA représente la Confédération et préside de droit toutes les réunions des différents organes de la Confédération. En cas d'empêchement, il est remplacé par le Secrétaire général.

Le Secrétaire général est chargé de la rédaction des documents et de la correspondance, du programme d'action et de l'organe de presse.

Le Trésorier fédéral est chargé de la comptabilité et de la gestion des fonds. À la fin de chaque exercice il présente les comptes et le bilan à la Commission de révision pour vérification et au CA pour approbation.

Le CA se réunit au moins six fois par an.

L'exercice éventuel d'un mandat politique au niveau national ou communal, ainsi que la qualité de membre d'un parti politique sont incompatibles avec la qualité de membre du CA.

Le CA est renouvelé en entier tous les quatre ans.

Outre les instances de la CGFP mentionnées, d’autres organes à vocation consultative jouent un rôle essentiel dans l’accompagnement et la réflexion stratégique de la Confédération Générale de la Fonction publique.